Jedenáct let po bělohorské bitvě dolehla na pražská města a jejich obyvatele opět plnou silou třicetiletá válka. Na sklonku roku 1631 se o to postaral vpád vojsk saského kurfiřta Jana Jiřího do Čech, umožněný dočasnou převahou protihabsburských spojenců po vstupu protestantského Švédska do války a kromě dalšího též dočasným sesazením nejschopnějšího habsburského vojevůdce Albrechta z Valdštejna.

Spojená švédsko - saská vojska rozdrtila v září 1631 u Breitenfeldu nedaleko Lipska armádu císařského generála Tilliho. Sasům se tak otevřela cesta do téměř nechráněných Čech a osmitisícová armáda generála Jana Jiřího Arnima, provázená hojným počtem českých emigrantů, mohla 15. listopadu bez obtíží stanout na Bílé hoře.

Saský vpád byl pro mnohé nejen v Praze, ale i u vídeňského císařského dvora nemilým překvapením. Začal překotný útěk z Prahy. Byly evakuovány korunovační klenoty i chrámové cennosti. Zdrcení měšťané sledovali, jak město opouštějí všechny významné osobnosti včetně místodržících a 10. listopadu utekl dokonce i vojenský velitel Prahy, generál don Baltazar de Marradas!

Po úprku představitelů státní správy zachvátil město chaos, jenž vyústil v rozsáhlé nepokoje, při nichž pražská chudina napadala kláštery i obydlí předních katolíků. Městské rady sice nakonec situaci zvládly díky nasazení oddílů měšťanských milicí, nicméně poměry se podařilo uklidnit až 14. listopadu ve večerních hodinách. Na obranu Prahy ovšem za takových podmínek nebylo ani pomyšlení a pražští konšelé věnovali energii a čas zbývající do příchodu Sasů na zformulování návrhu podmínek kapitulace.

Když se saské vojsko rozložilo před branami města, zaslal generál Arnim Pražanům list, v němž žádal, aby se město dobrovolně vzdalo. Ještě týž den byla na radnici za přítomnosti dvou saských důstojníků sepsána smlouva, jež měla Prahu uchránit před drancováním a dalšími útrapami spojenými s pobytem nepřátelského vojska uvnitř městských hradeb.

Jako každá armáda, počínali si i saští žoldnéři v okupovaném městě podle své libosti a podmínky kapitulace respektovali jen pokud to sami uznali za vhodné. Vše, co se zdálo vojákům cenné, prostě zabrali. Nešlo přitom zdaleka jen o peníze či šperky, ale brali též víno, potraviny a dokonce i nábytek, kamna a okenice! Švéd Nicolai, který byl očitým svědkem tehdejšího dění v Praze, napsal: "...kdysi nádherná Praha, to krásné město, je nyní vesnicí nebo hromadou kamení".

Jedním z mála objektů, který řáděním okupantů neutrpěl, byl Valdštejnův palác na Malé straně, jenž byl stejně jako Valdštejnovy mimopražské majetky na rozkaz generála Arnima ušetřen.

Strasti Pražanů vyrabováním jejich města ovšem zdaleka neskončily. Vedle tíživé povinnosti zásobovat a živit okupační armádu se dalším zdrojem problémů stala otázka navrátivších se emigrantů, respektive otázka restituce majetkových, ale i náboženských poměrů z doby před bělohorským zvratem.

Postoj většiny pražských obyvatel k jejich někdejším spoluobčanům lze celkem hodnotit jako více než chladný. Jedenáct let po Bílé hoře byla Praha již jiné město, což ostatně mnozí z emigrantů rychle pochopili a svůj pobyt ve městě využili pouze k definitivnímu vypořádání svých majetkových záležitostí. Kromě několika excesů nedošlo k pokusu o likvidaci poměrů nastolených v Praze rekatolizací. Luteránští duchovní sice zabrali několik kostelů, v jiných se bez překážky nadále směly konat katolické bohoslužby.

Poměrně zvláštní byl vzájemný vztah saských okupačních orgánů k pražské samosprávě. Navzdory přáním svých českých protestantských spojenců totiž Sasové ponechali ve funkcích katolické konšely a i jinak snahám o restituci předbělohorských poměrů mnoho nenapomáhali. Radnice naopak často saskému velení adresovaly stížnosti na náboženská opatření ze strany emigrace a dokonce projevily i nesouhlas s pohřbem hlav obětí staroměstské popravy předáků stavovského povstání, které byly již deset let vystaveny na staroměstské mostecké věži!

Na druhé straně se ovšem pražští měšťané úzkostlivě vyhýbali jakémukoliv projevu, který by mohl být u vídeňského dvora chápán jako schvalování nových poměrů. Například ani přes opakovaná nařízení generála Arnima se nikdo z konšelů nedostavil k uvítání saského kurfiřta Jana Jiřího, který přijel 20. listopadu osobně do Prahy oslavit skvělý úspěch své armády. Podobně se již ke konci saské okupace v květnu 1632 důrazně ohradili proti oslovení "našim milým věrným", kterým je ve svém dopise počastoval saský kurfiřt.

Přes zdánlivě klidné soužití s okupanty nabyla situace ve městě postupně neudržitelných poměrů. K nedostatku potravin se na jaře 1632 připojila i morová epidemie a zprávy o nově se formující habsburské armádě, které navíc již opět velel obávaný Valdštejn. Vidina brzkého konce pobytu ve městě podnítila saské vojáky i jejich velitele k nové vlně násilí a rabování. Pobyt Sasů v Praze skončil definitivně 25. května, kdy Valdštejnovy oddíly za přispění měšťanských milic město po kratší potyčce ovládly. Postupná přeměna Prahy v metropoli habsburkům loajálních a nábožensky katolických Čech tak mohla navzdory představám a přáním českých emigrantů pokračovat.