Pracovní poměr je možno ukončit jednak dohodou zaměstnavatele se zaměstnancem, jednak jednostranně, a to jak ze strany zaměstnavatele (výpovědí na základě určitého výpovědního důvodu, okamžitým zrušením opět na základě určitého zákonného důvodu a zrušením ve zkušební době), tak zaměstnance (výpovědí nebo zrušením ve zkušební době). Vedle toho přirozeně končí pracovní poměr sjednaný na dobu určitou uplynutím této doby a také smrtí zaměstnance.
Zaměstnavatel může vůči zaměstnanci uplatnit tyto výpovědní důvody: 1) organizační změny: 1.1) zrušení zaměstnavatele nebo jeho části, 1.2) přemístění zaměstnavatele nebo jeho části, 1.3) nadbytečnost zaměstnance v důsledku rozhodnutí zaměstnavatele o změně úkolů zaměstnance, technického vybavení, snížení stavu zaměstnanců za účelem zvýšení efektivnosti práce nebo jiné organizační změny (tzv. prostá organizační změna); 2) ztráta dlouhodobé způsobilosti zaměstnance vzhledem k zdravotnímu stavu podle příslušného posudku nebo rozhodnutí konat dále dosavadní práci nebo zákaz jejího konání v důsledku onemocnění nemocí z povolání nebo pro ohrožení touto nemocí nebo dosažení nejvyšší přípustné expozice na pracovišti určené příslušným rozhodnutím; 3) neplnění předpokladů stanovených právními předpisy pro výkon sjednané práce nebo neplnění (bez zavinění zaměstnavatele) požadavků pro řádný výkon práce (stalo-li se tak v důsledku neuspokojivých pracovních výsledků, je výpověď možná jen po předchozí písemné výzvě zaměstnavatele k jejich odstranění v posledních 12 měsících, po níž zaměstnanec nedostatky neodstranil); 4) existence důvodu k okamžitému zrušení pracovního poměru nebo závažné porušení pracovní kázně (jde-li o soustavné méně závažné porušování pracovní kázně, je výpověď možná jen po předchozím písemné upozornění na možnost výpovědi v souvislosti s porušením pracovní kázně v posledních 6 měsících).
V prvních třech případech je dále výpověď možná jen tehdy, jestliže zaměstnavatel nemá možnost dále zaměstnance zaměstnávat v místě sjednaného výkonu práce ani v místě jeho bydliště, a to ani po předchozí průpravě, nebo jestliže zaměstnanec není ochoten přejít na jinou vhodnou práci v místě výkonu práce nebo jeho bydlišti nebo jestliže se odmítl podrobit předchozí průpravě pro tuto jinou práci. Výpověď ve čtvrtém případě může zaměstnavatel dát jen do dvou měsíců ode dne, kdy se dozvěděl o existenci výpovědního důvodu, šlo-li o porušení pracovní kázně v cizině, do dvou měsíců od návratu zaměstnance, vždy však nejpozději do 1 roka ode dne, kdy tento důvod vznikl. Pokud se v průběhu zmíněné dvouměsíční lhůty stane dotčené jednání předmětem šetření jiného orgánu, lze dát výpověď do 2 měsíců ode dne, kdy se zaměstnavatel dozví o výsledku tohoto šetření. Je-li k výpovědi třeba souhlasu orgánu státní správy (zaměstnanec se změněnou pracovní schopností), nepočítá se do této lhůty doba od podání žádosti o udělení souhlasu do nabytí právní moci příslušného rozhodnutí. V případě výpovědi z prvních dvou důvodů je zaměstnavatel povinen ve spolupráci s příslušným orgánem zaměstnanci účinně mu pomoci při získání nového vhodného zaměstnání. V případě výpovědi osamělému zaměstnanci trvale pečujícímu o dítě mladší 15 let nebo zaměstnanci se změněnou pracovní schopností nezabezpečenému důchodem z důvodu prosté organizační změny, stejně jako v případě výpovědi z důvodu ohrožení nemocí z povolání a dosažení nejvyšší přípustné expozice na pracovišti, je zaměstnavatel povinen jim nové vhodné zaměstnání zajistit, podle potřeby i s pomocí svého nadřízeného orgánu. V těchto případech navíc výpovědní doba skončí až splnění této povinnosti, jestliže se zaměstnavatel nedohodne se zaměstnancem jinak. Povinnost účinné pomoci k získání nového zaměstnání zaměstnavatel nemá zaměstnavatel vůči tomu zaměstnanci, který nebyl ochoten přejít na nabídnutou jinou pro něho vhodnou práci, stejně jako v případě, že zaměstnanec odmítne bez vážného důvodu nové vhodné zaměstnání, do něhož mohl nastoupit. V tzv. ochranné době je výpověď zaměstnavateli zakázáno dát. Jde o případy: 1) pracovní neschopnosti zaměstnance a jeho ústavního ošetřování nebo lázeňského léčení (neschopnost nesmí být úmyslně vyvolaná nebo způsobená v opilosti); 2) služby v ozbrojených silách nebo civilní služby; 3) dlouhodobého plného uvolnění pro výkon veřejné funkce; 4) těhotenství nebo čerpání mateřské dovolené nebo trvalé péče alespoň o jedno dítě mladší než 3 roky; 5) dočasné nezpůsobilosti pro noční práci u zaměstnance pracujícího v noci. Jestliže byla podána výpověď před počátkem ochranné doby, ochranná doba se do výpovědní doby nezapočte a pracovní poměr skončí až uplynutím zbývající části výpovědní doby (zaměstnanec však může prohlásit, že na prodloužení pracovního poměru netrvá). Zákaz výpovědi se však nevztahuje na případy zrušení nebo přemístění zaměstnavatele nebo jeho části, a u zaměstnanců jiných než na mateřské nebo rodičovské dovolené na výpovědi z důvodů okamžitého zrušení pracovního poměru, a konečně pro jiná porušení pracovní kázně, nejde-li o těhotnou zaměstnankyni nebo zaměstnance trvale pečující o dítě mladší 3 let. Jde-li o zaměstnance se změněnou pracovní schopností, může mu být dána výpověď jen s předchozím souhlasem příslušného orgánu státní správy, jinak je neplatná. Souhlasu není třeba u zaměstnance staršího 65 let nebo pro zrušení či přeložení zaměstnavatele a pro důvody okamžitého zrušení pracovního poměru nebo jiná porušení pracovní kázně. V případě hromadného propouštění (výpovědi z organizačních důvodů u podstatné části zaměstnanců zaměstnavatele - zhruba 10% všech zaměstnanců) má zaměstnavatel povinnost s předstihem o svém postupu informovat zaměstnance, odborový orgán nebo radu zaměstnanců a projednat s nimi související opatření. Podrobné údaje musí také poskytnout úřadu práce. Pracovní poměr hromadně propouštěného zaměstnance skončí až po uplynutí 30 dnů od doručení zprávy o projednání hromadného propouštění úřadu práce. Okamžitě může být zrušen pracovní poměr v těchto případech: Ze strany zaměstnavatele pokud 1) byl zaměstnanec pravomocně odsouzen pro úmyslný trestný čin k nepodmíněnému trestu odnětí svobody na dobu delší 1 roku nebo pro úmyslný trestný čin spáchaný při plnění pracovních úkolů nebo v přímé souvislosti s ním k nepodmíněnému trestu odnětí svobody na dobu nejméně 6 měsíců; nebo 2) porušil zaměstnanec pracovní kázeň zvlášť hrubým způsobem. Okamžité zrušení musí být provedeno do 1 měsíce ode dne, kdy se zaměstnavatel o jeho důvodu dozvěděl, nejpozději do 1 roka od jeho vzniku. Nesmí být provedeno u těhotné zaměstnankyně nebo u zaměstnance trvale pečujícího o dítě mladší 3 let; u těch je možno (s výjimkou zaměstnance na mateřské nebo rodičovské dovolené) rozvázat pracovní poměr výpovědí. Ze strany zaměstnance: 1) pro nemožnost dál konat práci bez vážného ohrožení zdraví, když nebyl do 15 dnů od předložení lékařského posudku zaměstnavatelem převeden na jinou vhodnou práci; 2) pro neplacení mzdy nebo její náhrady zaměstnavatelem do 15 dnů po uplynutí splatnosti. Okamžité zrušení musí být opět provedeno do 1 měsíce, nejpozději do 1 roku. Zaměstnanec má přitom nárok na náhradu mzdy ve výši průměrného výdělku za výpovědní dobu. V obou případech musí být důvod okamžitého zrušení uveden konkrétně a nezaměnitelně (nelze jej ani dodatečně měnit) a okamžité zrušení musí být druhé straně ve lhůtě doručeno, jinak je neplatné. U pracovního poměru na dobu určitou jejím uplynutím pracovní poměr zaniká. Pokračuje-li však po uplynutí této doby zaměstnanec v práci s vědomím zaměstnavatele, platí, že se tento pracovní poměr změnil v pracovní poměr uzavřený na dobu neurčitou, pokud se zaměstnavatel nedohodne se zaměstnancem jinak. Při ukončení pracovního poměru je zaměstnavatel povinen vydat zaměstnanci posudek o pracovní činnosti, vždy mu pak musí vydat potvrzení o zaměstnání, v obou případech se zákonem stanoveným obsahem (jiné údaje může uvést jen se souhlasem zaměstnance). Nesouhlasí-li zaměstnanec s obsahem pracovního posudku nebo potvrzení o zaměstnání, může se do 3 měsíců ode dne, kdy se o jejich obsahu dozvěděl, domáhat u soudu proti zaměstnavateli jejich přiměřené úpravy. Zaměstnanec, jemuž byla dána zaměstnavatelem výpověď z organizačních důvodů (nebo došlo z týchž důvodů k dohodě o ukončení pracovního poměru), má nárok na odstupné ve výši dvojnásobku průměrného měsíčního výdělku, případně ve zvýšené výši podle kolektivní smlouvy (ta může stanovit i bližší podmínky poskytnutí zvýšeného odstupného). Pokud zaměstnanec nastoupí do zaměstnání u dosavadního zaměstnavatele před uplynutím doby určené počtem násobků průměrných výdělků (v měsících), je povinen poměrnou část odstupného zaměstnavateli vrátit (podle kalendářních dnů). Odstupné nenáleží při organizační změně doprovázené přechodem práv a povinností z pracovněprávních vztahů na jiného zaměstnavatele a u zaměstnance ve vedlejším pracovním poměru.